宿根花卉园始建于20世纪70年代，2005年在中国科学院植物园二期知识创新工程的支持下进行了改建，占地0.9公顷。目前收集栽培各类草本花卉和藤本植物近600种（含品种），隶属46科138属，物种数量居全国同类园区之首。改建后的园区根据植物生态习性要求分为：阳生植物区、阴生植物区、球根花卉区、岩生植物区和藤本植物带；并构建了松石寻芳、玉兰迎春、古藤新韵等景点。 园区内不仅布置了国内外常见的郁金香、百合、洋水仙等球根花卉品种，种植了独具中国特色的大百合、景天等野生植物资源，并突出展示了研究人员经过长期艰辛工作培育的萱草、铁线莲、荷兰菊、鸢尾、福禄考等系列栽培植物新品种。