菏泽医学专科学校附属医院(简称菏医附院)是一所公立非营利性三级综合性医院，菏泽市职工及城乡居民医保定点医院。现有内科、外科、妇科、眼科、菏泽市青少年低视力防治中心、康复医学科、口腔科、皮肤科、中医科（包括针灸推拿）、手术室和麻醉科、血液透析室、预防保健科（包括体检）、医学检验科、超声科、放射科、心电图室、内镜室等科室。