中国科学院上海有机化学研究所是集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究机构，从开展抗生素和高分子化学的研究起步，经过70多年几代人艰苦创业、奋力拼搏，在以有机化学研究为中心的基础研究、应用研究与高新技术开发、人才培养等方面均取得令人瞩目的成就。在我国“两弹一星”研制、“人工合成牛胰岛素、人工合成酵母丙氨酸转移核糖核酸”和“物理有机化学中的两个基本问题：自由基化学中取代基离域参数和有机分子簇集概念”等一批攀登科技高峰的重要成果中，我所科研人员作出了重要贡献。下设科研部门：生命有机实验室、金属有机实验室、有机氟化学实验室、天然产物合成实验室、合成与组装实验室、能量调控实验室、生物与化学交叉中心、沪港化学合成联合实验室。