陆军军医大学第一附属医院拥有国家重点学科10个，国家重点培育学科2个。重庆西南医院的特色科室有：西南医院烧伤科，西南医院肝胆外科，西南医院感染病科，西南医院泌尿外科，神经外科，胸心外科，心血管内科，呼吸内科。